Τμήμα Επιστήμης & Μηχανικής Υλικών
26 Απριλίου 2024
Δείτε την ανακοίνωση.26 Απριλίου 2024
See here.23 Απριλίου 2024
Δείτε την ανακοίνωση.
Οι αιτήσεις υποψηφιότητας υποβάλλονται ηλεκτρονικά έως τις 30/05/2024 και ώρα Ελλάδος 16:00 στη διαδικτυακή διεύθυνση https://ams.iky.gr/
22 Απριλίου 2024
Δείτε την πρόσκληση για υποβολή αιτήσεων για τον τρίτο κύκλο του Διιδρυματικού Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) «Νανοτεχνολογία για Ενεργειακές Εφαρμογές – Nanotechnology for Energy Applications» (ΦΕΚ 1973/01-06-2018).
Προθεσμία υποβολής αιτήσεων είναι η 23η Σεπτεμβρίου 2024.
Ημερομηνία διεξαγωγής συνεντεύξεων υποψηφίων φοιτητών είναι η 30η Σεπτεμβρίου 2024
22 Απριλίου 2024
Πέμπτη 25/4/2024 και ώρα 14:00
στην αίθουσα τηλεεκπαίδευσης Ε130 στο κτήριο Μαθηματικών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών
Θέμα Διπλωματικής:
«Investigating Diphenylalanine-Graphene Interactions in Water Using Molecular Dynamics Simulations»
Διμελής Επιτροπή: Ιωάννης Ρεμεδιάκης, Αναστασία Ρισάνου
Graphene (GF) has gained much popularity in recent years due to its unique properties with a wide range of applications. Except of the extensively studied field of electronics, scientists are finding ways of implementing graphitic surfaces in biomedical applications as well. More specifically, it has been proven that the design of peptide-graphene composites can aid in the manufacturing of thinner and more sensitive biosensors. One peptide of great interest for such applications is diphenylalanine (FF), the key structural motif of Alzheimer’s β-amyloid peptide. Understanding the mechanism of the formation of peptide layers on top of graphene is crucial for exploring their full potential.
In this diploma thesis, we study aqueous solutions of FF with and without graphene nanofillers through all-atom Molecular Dynamics simulations, utilizing both explicit and implicit solvent models. Our focus is on both the physicochemical behavior of the systems and the validation of the implicit solvent model. Therefore, we investigate the self-assembly mechanism of FF peptides in water and the effect of pristine graphene nanoflakes on this process, as well as the FF-graphene interface through the SPC/E explicit solvent model and the GBSA implicit solvent model. Starting with the bulk (reference) systems, in the absence of graphene nanoflakes, the self-assembly of dipeptides in the aqueous solution is driven by electrostatic interactions, hydrogen bonding as well as their high hydrophobicity. Aggregation of FF is observed, with similar structural characteristics from both explicit and implicit solvent models. In the nanocomposite system, diphenylalanine-graphene interfaces are formed, prior to the self-assembly of dipeptides. A number of FF covers the surface of the nanofillers, forming stable layers of specific thickness, due to electrostatic attraction. The rest of dipeptides start to self-assemble forming aggregates on top of them. Moreover, the diffusion of FF in water is affected by the graphene nanofillers with the dipeptides exhibiting higher mobility away from the interfaces. In the case of nanocomposite systems implicit solvent model revealed qualitative similar behavior, although further optimization and/or more efficient models are demanded.
12 Απριλίου 2024
Λεπτομέρειες έχουν αναρτηθεί στην ιστοσελίδα του Πανεπιστημίου στο σύνδεσμο "ανακοινώσεις". Επίσης, περίληψη της προκήρυξης δημοσιεύθηκε σήμερα στην εφημερίδα "Δημοκρατία".
Αιτήσεις θα παραλαμβάνονται από τη Γραμματέα της Κοσμητείας της Σχολής Θετικών Επιστημών κ. Παγώνα Αυγουστάκη.
Καταληκτική ημερομηνία κατάθεσης δικαιολογητικών η 22 Aπριλίου 2024.